在生化降解過程中，溶氧是個非常重要的參數，它關系到整個污水廠的處理凈化效率。因此，必須連續監測并控制溶氧，使曝氣池中的溶氧控制在合適的范圍內。通常做法是從溶氧儀輸出控制信號到PLC系統中，由PLC根據溶氧數值調整鼓風機的風量。這樣做有兩個好處，首先能夠優先保證污水的處理效率，其次可以節省大量的鼓風機電力消耗。

    在有氧階段，硝化細菌把氨氮轉換成硝氮，溶氧數值大小會影響微生物的活性，合理的濃度在2mg/l，再高的溶氧并不能有效提高降解效率，鼓風機反而需要消耗更多的電能。下圖表示了在硝化除氮過程中溶氧跟降解效率的關系。從圖中可以看出溶氧保持在0.75-2mg/l之間有效。在厭氧階段，污泥中殘留的溶氧不利于反硝化過程，所以溶氧要盡可能的低。